Spazzolate sotto l'acqua corrente le cozze e lavate con cura le vongole. Trasferite i molluschi in una padella antiaderente con lo scalogno e mezzo bicchiere di vino bianco secco. Mettete il coperchio e cuocete a fuoco vivo finché i gusci si saranno aperti. Scaldate in una padella l'olio e fatevi imbiondire la cipolla tritata finemente. Unite le acciughe dissalate e la polpa di pomodoro. Salate, pepate e fate cuocere per circa 10 minuti a fuoco dolce. Lessate le linguine in una pentola con acqua bollente salata, scolatele molto al dente, ponetele in una zuppiera e conditele con il sugo di pomodoro. Aggiungete le cozze, le vongole, le olive snocciolate e il basilico. Mescolate bene e trasferite la preparazione in un rettangolo di carta speciale da forno; chiudete il cartoccio e passatelo in forno a 200 gradi per 15 minuti.