Fate marinare i branzini in frigo per 4 ore coperti da pellicola in una ciotola con l'olio, l'aglio, il succo dei pompelmi e pepe. Preparate la ratatuglia. Tagliate a dadini la melanzana, le zucchine e i peperoni mandati. Dividete in spicchi la cipolla e fatela macerare nell'aceto per 10 minuti, poi scolatela e rosolatela nell'olio. Aggiungete quindi le verdure preparate, sale e pepe e fate cuocere a fuoco lento per 25 minuti, mescolando spesso. Profumate a fine cottura con le erbe tritate. Asciugate i branzini con della carta assorbente, trasferiteli su una placca foderata con carta forno, salateli, pepateli, cospargeteli con timo e maggiorana tritati e cuoceteli in forno già caldo a 180 gradi per 20 minuti, bagnandoli spesso con la marinata. Serviteli subito con la ratatuglia preparata.