Portate a ebollizione una pentola di acqua. Pelate le cipolle e immergetele nell'acqua bollente; lasciatele cuocere per dieci minuti. Mondate gli champignon, lavateli e tritateli. Dopo dieci minuti di cottura delle cipolle, sgocciolatele, risciacquatele con acqua fredda, sgocciolatele di nuovo, eliminate il rivestimento esterno. Posatele su un canovaccio e svuotatele con un coltellino da pompelmo. Tritate fine la parte centrale prelevata. Fate sciogliere il burro in una piccola padella e rosolatevi il trito di champignon e di cipolla da sette a dieci minuti, a fuoco moderato, mescolando con un cucchiaio di legno. Scaldate il forno a 170 gradi (termostato 5). Aggiungete il pangrattato alla miscela di cipolla e champignon, salate, pepate e mescolate. Farcite le cipolle con la preparazione, posatele in piedi in una piccola pirofila, versate la salsa madera nella pirofila, coprite e infornate. Lasciate cuocere per un'ora e quindici minuti, finché le cipolle sono tenere. Quando le cipolle sono cotte, toglietele dalla pirofila e disponetele su un piatto di servizio caldo. Versate la salsa nel piatto e cospargete di prezzemolo tritato.