Sciacquate l'uvetta e fatela rinvenire in una ciotola di acqua tiepida. Lavate le cipolle senza pelarle. Mettetele in una casseruola, copritele di acqua fredda, portate a ebollizione e lasciate cuocere a fuoco dolce per venti minuti finché le cipolle sono tenere. Sgocciolatele e fatele raffreddare. Rompete le uova in una ciotola e sbattetele con una forchetta. Sbriciolate gli amaretti con un mattarello. Ungete una pirofila con 10 g di burro. Scaldate il forno a 200 gradi (termostato 6). Sgocciolate le uvette. Pelate le cipolle. Tagliatele in due e scavatele con un cucchiaino, tritatene la polpa e unitela alle uova insieme agli amaretti, il pangrattato, l'uvetta, i chiodi di garofano e la cannella. Grattugiate sopra la ciotola 1/4 di cucchiaino di noce moscata. Salate, pepate. Mescolate con una forchetta. Disponete le mezze cipolle in una pirofila imburrata. Farcitele con la preparazione pigiando bene con una forchetta. Distribuitevi sopra il burro rimanente. Infornate e lasciate cuocere per trenta minuti. Servite caldo.