Per preparare la peperonata, sbollentate i pomodori, pelateli, eliminate i semi e l'acqua di vegetazione e tagliatene la polpa a pezzetti. Tagliate i peperoni rossi a pezzi e la cipolla a fettine. Mettete il tutto in padella con l'olio e il sale; cuocete a fuoco dolce con la pentola coperta. A cottura ultimata, passate 1/4 della peperonata e riunitela al resto. Salate i filetti di merluzzo, disponeteli sul fondo di una pirofila leggermente unta e coprite con la peperonata. Mettete in forno preriscaldato a 200 gradi per 20-25 minuti circa. Servite caldo.