Pelate le cipolle, lavatele quindi cuocetele, intere, in forno a 180 gradi per circa mezz'ora poi tagliate a ognuna la calotta superiore e scavatele, togliendo parte della polpa e lasciando intatta la parte esterna. Passate la polpa al frullatore fino a renderla cremosa. In un tegame fate fondere il burro con la polpa frullata, sale, pepe, noce moscata e cospargete con la farina. Mescolate bene lasciando tostare per pochi minuti, quindi aggiungete la fontina tagliata a dadini, mescolate ancora fino a quando il formaggio sarà completamente fuso. Togliete dal fuoco ed incorporatevi, uno alla volta, i due tuorli mescolando velocemente. Con la crema ottenuta farcite le cipolle poi disponetele in una pirofila con l'olio, passate in forno sotto il grill e lasciate gratinare per pochi minuti.