In un tegame scaldate tre cucchiai d'olio e fatevi appassire gli scalogni tritati. Aggiungete i pomodori a cubetti, salate, pepate e cuocete per un quarto d'ora a fiamma bassa. Tagliate la polpa di zucca a fettine, infarinatele, friggetele in abbondante olio e asciugatele su carta da cucina. Spennellate d'olio una pirofila, adagiatevi uno strato di fette di zucca, cospargete con il timo, irrorate di salsa di pomodoro, distribuite la mozzarella a fettine sottili e un po' di formaggio grattugiato. Continuate ad alternare gli strati fino a esaurimento degli ingredienti. Cuocete in forno preriscaldato a 200 gradi e lasciate gratinare.