Sbucciate le cipolle e cuocetele per 15 minuti in abbondante acqua. Scolatele e lasciatele intiepidire. Spuntate le zucchine, cuocetele in acqua bollente salata per 5 minuti, scolatele e fatele raffreddare. Tagliate le cipolle a metà (in orizzontale) e togliete le foglie centrali: lasciatene solo 2-3 per formare una coppetta. Tritate le foglie scartate e tenetele da parte. Dividete le zucchine per il lungo e, con uno scavino o un cucchiaino, prelevate il centro e tritatelo. Scaldate in un padellino un cucchiaio di olio e unite i pinoli e la polpa tritata delle zucchine. Fate insaporire per 2-3 minuti, salate, unite la maggiorana. Poi mescolate e spegnete. Ammorbidite i funghi in acqua tiepida, scolateli, strizzateli, tritateli e cuoceteli per 5 minuti con un cucchiaio di olio, la cipolla tritata, sale e il vino bianco. Preparate la besciamella. Fondete 30 g di burro in una casseruola, versate la farina in una sola volta e tostatela a fiamma bassissima per 2-3 secondi. Unite a filo il latte tiepido e mescolate con una frusta. Cuocete per 5-6 minuti a fiamma bassa e girando spesso. Salate e aggiungete un pizzico di noce moscata e 20 g di parmigiano. Mescolate metà besciamella al composto di zucchine e metà a quello di funghi. Riempite le cipolle con il primo e le zucchine con il secondo. Mettetele in una teglia unta, cospargetele con il parmigiano e il burro a dadini e cuocetele in forno caldo a 200 gradi per 25 minuti.