Strofinate accuratamente le cozze con una spazzola di saggina, sotto l'acqua corrente, per asportare eventuali residui di terra o di alghe, quindi mettetele in una padella sul fuoco vivo, senza aggiungere alcun condimento; le valve si apriranno spontaneamente per effetto del calore. A questo punto togliete il recipiente dal fuoco e staccate la parte superiore del guscio, lasciando intatta quella inferiore concava alla quale è attaccato il mollusco; lavate nuovamente le cozze e lasciatele asciugare capovolte su un canovaccio pulito. Nel frattempo scottate i pomodori in acqua bollente, pelateli, dimezzateli, privateli dei semi e tritateli; tritate finemente anche il basilico e l'aglio e grattugiate l'Emmenthal. Sistemate le cozze in una grande teglia, che le contenga tutte in un solo strato, e distribuite sopra ciascuna cozza un poco di pomodoro e un poco di trito di basilico e aglio e spolverizzate con l'Emmenthal grattugiato; salate, pepate, irrorate con un filo di olio ed il succo del limone e mettete in forno a 200 gradi, per 20 minuti. Portate la teglia direttamente in tavola.